商业贷款转公积金贷款要把利息付清吗

是的。
商转公贷款的“先还后贷”方式是指经中心审核同意，借款人自筹资金将原商贷还清（还清所有本息）并解除抵押后，将用于原商贷抵押的房屋（以下简称原抵押房屋）用于商转公贷款抵押担保，经中心审批同意后发放个人住房公积金贷款。
《住房公积金管理条例》第六条
住房公积金的存、贷利率由中国人民银行提出，经征求国务院建设行政主管部门的意见后，报国务院批准。