企业注销时有进项留抵怎么办

根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税（2005）165号）第六条规定：
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
因此，公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。