股权转让成本的确定
公司变更必须按国家制定的法定程序进行。公司必须首先提交变更报告书，包括变更的目的及变更的具体内容，经股东大会审批、备案，再向工商行政管理部门办理变更登记，否则被视为违法。公司发生分立或合并以后，无论是继续存在的存续公司，还是合并以后的新设公司，都会发生业务职能的变更，都需要变更公司章程。业务职能变更和公司组织变更是同一变更过程的两个方面。
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股权转让价格的确定
在以上股东会决议及股权转让协议中，难点也是容易忽略的问题之一是如何确定股份转让价格。实际工作中许多公司在进行股权转让时，只以原始投资价值来确定转让股份的价值。但根据国家有关法规规定，公司在进行股权转让时，股权转让价格的确定方法有以下几种：按实收资本账面价值(即原始投资价值)来确定;按公司所有者权益来确定;按法定评估机构评估的公司净资产价值来确定(评估报告一般应经公司董事会或主管财政、国资部门确认);转让、受让双方通过谈判来确定协议价。上述四种方法中，第三种方法提供了社会公允的股权转让价格，最为可取。并且我国有关国有资产管理法规也有明确规定，当转让方或受让方其中一方为国有企业的，股权转让时必须通过法定评估机构对公司净资产进行评估，且评估报告应由主管财政、国资部门确认。
