债务超过诉讼时效应当如何处理

建议跟对方协商具体还款方式，这样的话，就能通过书面方式使对方放弃时效利益，也就是说，对方不得以诉讼时效期间届满为由拒绝履行债务。
法律依据：《民法典》第一百九十二条  诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
       诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。