现在该怎么办，本是工伤却被公司忽悠的走了农村合作医疗

根据我国的法律规定，如果是工伤的话，那就只能走工伤赔偿。如果前期通过合作医疗报销，后来认定为工伤，享受了工伤保险待遇，那么合作医疗报销的部分需要返还。
【法律依据】
《社会保险法》第三十条规定，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
(一)应当从工伤保险基金中支付的；
(二)应当由第三人负担的；
（三)应当由公共卫生负担的；
(四)在境外就医的。