借条诉讼时效超过三年怎么办

尽量考虑通过友好协商，促进当事人双方就原借条达成还款协议，根据法律规定，超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成的还款协议，属于新的债权、债务关系，该还款协议应受法律保护。
法律依据：
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《民法典》第一百八十九条
当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
《民法典》第一百九十条
无民事行为能力人或者限制民事行为能力人对其法定代理人的请求权的诉讼时效期间，自该法定代理终止之日起计算。