年假不休逾期作废的做法合法吗

不合法。
《企业职工带薪年休假实施办法》第十条规定：用人单位安排职工休年休假，但是职工因本人原因且书面提出不休年休假的，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。”即只有在劳动者以积极的明示的方式表示其不休年休假的情况下，才能判定劳动者做出了放弃年休假权利的意思表示。
而“年休假逾期申请视作自动作废”的规定，实质是将劳动者消极的默示的行为作为其放弃年休假权利的意思表示，显然与相关的规定不符。