分公司撤銷總公司不配合怎麼辦

可以去工商局說明情況，直接撤銷該分公司。但因分公司是沒有法人資格的，所以以分公司名義做出的經營後果總公司都需負責。
《中華人民共和國公司法》第十四條，公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。