非法剝奪公民宗教信仰自由罪的認定
1、正當的宗教信仰與封建迷信的界限
宗教是社會意識形態的一種表現，而封建迷信是用以騙人的裝神弄鬼、古卦算命、畫符唸咒等騙術。對於封建迷信不能視為宗教活動，應予以取締。尤其是神漢、巫婆利用封建迷信造謠惑眾，騙取錢財的，應依法予以懲處。
2、正常的宗教活動與非正常的宗教活動的界限
非正常的宗教活動是指利用宗教活動干預國家行政、司法、教育的行為，是國家法律所不允許的。如果行為人干涉、禁止這樣的所謂宗教活動則沒有造成對法律保護的公民宗教信仰自由權利的侵犯，而且是維護國家法律的行為，因此不構成犯罪。
3、本罪與一般違法行為的界限
國家機關工作人員以暴力、脅迫或其他手段，非法剝奪公民宗教信仰自由，情節嚴重的，構成非法剝奪宗教信仰自由罪。這裏，“情節嚴重”是行為人構成犯罪所必不可少的客觀要件。所以，司法實踐中，一定要注意分清是國家機關工作人由於工作方法簡單粗暴或政策水平低所引起的一般侵犯他人宗教信仰自由權的行為，還是具有非法剝奪、干涉他人宗教信信仰自由的故意而實施的手段惡劣的或是危害結果嚴重的犯罪行為。這就需要嚴格依據法律的規定，來判斷行為人的行為是否具有構成本罪的全部要件，如有任一要件不符合，則不能認定為此罪。對於一般工作上的問題，可通過總結經驗、批評教育、向被害人賠禮道歉、賠償損失等方式來解決;構成犯罪的，應該嚴肅執法，依法追究行為人的刑事責任。
4、本罪與非法拘禁罪的界限
(1)主體不同，非法剝奪公民宗教信仰自由罪要求行為人必須具備國家機關工作人員的身份，而非法拘禁罪的主體則為一般主體。所以，不具有國家機關工作人員身份的一定不能構成非法剝奪公民宗教信仰自由罪。
(2)犯罪的主觀方面，非法剝奪公民宗教信仰自由罪行為人明知自己是在非法剝奪他人宗教信仰自由，卻故意實施;非法拘禁的行為人則是明知剝奪他人人身自由是非法的行為而故意為之。兩罪行為人主觀上認識的內容不同，追求的結果也不同。
(3)犯罪的客觀方面不同，非法剝奪公民宗教信仰自由罪的行為人除了對人身自由的直接限制、剝奪外，還表現為毀壞宗教設施、散播污辱性的言論等各種力式，非法拘禁罪表現為行為人拘留、禁閉或者其他強制方法，但都是直接作用於被害人的人身的方法。
