疫情期間被隔離公司以年假抵扣是否合法

不合法。但也要具體情況具體分析，如果是被隔離治療，請病假的時間累計超過兩個月的話，那麼職工本人就不能再享有當年的年休假了。但是外來務工人員被隔離的，年假不應該受到任何影響。
《人力資源社會保障部辦公廳關於妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關係問題的通知》第一條 對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或採取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府採取的緊急措施結束。
《民法典》第一百八十條 因不可抗力不能履行民事義務的,不承擔民事責任。法律另有規定的,依照其規定。
不可抗力是不能預見、不能避免且不能克服的客觀情況。