分公司負責人跑了怎麼辦

可以去工商局說明情況，直接撤銷該分公司。但因分公司是沒有法人資格的，所以以分公司名義做出的經營後果總公司都需負責。
《中華人民共和國公司登記管理條例》第四十九條，分公司被公司撤銷、依法責令關閉、吊銷營業執照的，公司應當自決定作出之日起30日內向該分公司的公司登記機關申請登出登記。申請登出登記應當提交公司法定代表人簽署的登出登記申請書和分公司的《營業執照》。公司登記機關准予登出登記後，應當收繳分公司的《營業執照》。